【2026年】e-Taxで確定申告するやり方｜個人事業主向けに準備・送信・納付を解説、会計ソフト3選も比較

e-Taxで確定申告するやり方

ここでは、事業所得がある個人事業主が、令和8年分の所得税を2027年2月16日〜3月15日の確定申告期間に申告する場合を例にしています。手順の根拠は国税庁とe-Taxの公式サイトの案内です（確認日：2026年10月）。e-Taxの画面や細かい条件は年によって変わるので、申告の前に最新の案内を確認してください。

1. 本人確認の方式を決める

e-Taxで個人が送信する方法には、「マイナンバーカード方式」と「ID・パスワード方式」の2つがあります。

これから始める人は、マイナンバーカード方式を選ぶことになります。国税庁は、令和7年10月1日からID・パスワードの新規発行を停止しました。すでに届出をしている人は引き続き使えますが、e-Taxのよくある質問では「令和9年分確定申告からは利用できなくなる予定」と案内されています（2026年7月23日更新のページで確認）。今のID・パスワードで出せるのは、令和8年分（2027年に出す申告）までになる見込みです。早めにマイナンバーカード方式に切り替えておきましょう。

マイナンバーカード方式では、次のパスワードを使います。

• 署名用電子証明書のパスワード：英数字6〜16文字。申告データへの電子署名に使い、5回続けて間違えるとロックされる
• 利用者証明用電子証明書のパスワード：数字4桁。ログインに使い、3回続けて間違えるとロックされる

スマホにマイナンバーカードの機能を入れる「スマートフォンのマイナンバーカード」を使うと、カードをかざさずに作成コーナーから送信できます（マイナポータルでの利用申請・登録が必要）。機種によっては、パスワードの代わりに生体認証も使えます。なお、カードの電子証明書には有効期限があり、切れているとe-Taxで送れません。確定申告の時期は更新の窓口が混むので、期限を先に確かめておきましょう。

2. 利用者識別番号を用意する

利用者識別番号は、e-Taxを使う人に割り当てられる16桁の番号です。国税庁の確定申告書等作成コーナーをマイナンバーカード方式で使う場合は、画面の案内に沿って進められます。一方、会計ソフトから送る場合は、マイナンバーカードと紐づいた利用者識別番号を入力する場面があります。

• マネーフォワード クラウド確定申告のヘルプでは、マイナポータルアプリで利用者識別番号を取得し、マイナンバーカードと紐づける方法が案内されています
• freee会計では、無料の「電子申告開始ナビ」で取得と登録を進められます
• 番号を忘れた場合は、e-Taxで確認するか、所轄の税務署に問い合わせます

開業届をe-Taxで出した人は、そのときに番号を取得していることがあります。過去の控えやメールを確認してみましょう。

3. どこから送るかを選ぶ

所得税の確定申告をe-Taxで送る方法は、大きく3つです。e-Taxの公式サイトでは、所得税の申告には「確定申告書等作成コーナー」か「e-Taxソフト（ダウンロード型）」を使うと案内されています。e-Taxソフト（WEB版）は、申請・届出や納税の手続き用で、所得税の申告書は作れません。

作成コーナーでは、青色申告決算書や収支内訳書も作れます。令和6年分のスマホ用の利用ガイドでは、事業所得がある人は「決算書・収支内訳書（+所得税）」を選び、決算書に続けて申告書を作る流れが案内されています。ただし、マネーフォワードのヘルプによると、会計ソフトのデータを作成コーナーに読み込むことはできず、決算書の数字は手で写す必要があります。帳簿を会計ソフトで付けているなら、そのソフトから送るほうが二度手間になりません。

4. 申告書を作って送信する

送り方が決まったら、申告書を作って送信します。流れはどの方法でもおおむね同じです。

1. 決算書を作る：青色申告なら青色申告決算書、白色申告なら収支内訳書を作ります
2. 確定申告書を作る：決算書の数字のほか、国民年金や生命保険料、ふるさと納税などの控除を入力します
3. 内容を確認する：氏名・住所・マイナンバー・税額・還付を受ける口座などを見直します
4. 電子署名をして送信する：署名用パスワードを入れ、マイナンバーカードを読み取って（またはスマホのマイナンバーカードで）送信します

e-Taxで送ると、控除の証明書の多くは内容を入力することで添付を省略できます。省略した証明書は、法定申告期限から5年間は手元に保存します。何をそろえればよいかは「確定申告の必要書類チェックリスト」にまとめています。

確定申告期間中、e-Taxは24時間使えます。ただし、期限ぎりぎりはエラーの対処に時間がかかることもあるので、余裕をもって送りましょう。

5. 受信通知で受け付けを確認する

送信の結果は2段階で確認できます。

• 即時通知：送信直後に画面に出ます。データ形式などを確かめた結果で、受付日時や受付番号がわかります。あとから再表示できないので、必要なら保存か印刷をしておきます
• 受信通知：そのあと、e-Taxの「メッセージボックス」に届きます。氏名や納税地などの基本事項や、電子証明書の有効性を確かめた結果が入っています

どちらかにエラーが出た場合は、内容を直して送り直すか、書面で提出します。国税庁は令和7年1月から、書面で出した申告書の控えに収受日付印を押していません。e-Taxなら、受信通知が「いつ出したか」の記録になります。なお、ID・パスワード方式で送った場合も、メッセージボックスを見るには原則としてマイナンバーカードなどの電子証明書が必要です。

6. 税金を納付する

納める税金がある場合は、原則として申告期限と同じ3月15日までに納付します（振替納税を除く）。申告書を出しても、税務署から納付書は届きません。e-Taxで申告した人が選びやすい方法は次のとおりです。

上限額や引き落とし日は、令和7年分の確定申告の案内で確認した内容です（国税庁「税金の納付」、確認日：2026年10月）。令和8年分の日程は、申告の時期に国税庁の案内で確かめてください。期限までに納めないと、延滞税がかかります。

青色申告の65万円控除とe-Taxの関係

青色申告で65万円の特別控除を受けるには、複式簿記で記帳し、貸借対照表と損益計算書を添付して期限内に申告することに加え、次のどちらかが必要です（国税庁 No.2072、令和8年4月1日現在の法令等）。

• 確定申告書と決算書をe-Taxで送る（紙をスキャンしたイメージデータでの送信は不可）
• 仕訳帳と総勘定元帳を「優良な電子帳簿」の要件を満たして保存し、届出書を出す

つまり、多くの個人事業主にとっては「e-Taxで期限内に出すこと」が65万円控除への近道です。期限を過ぎると55万円・65万円の控除は受けられないので注意しましょう。

また、令和9年分以後は控除の仕組みが変わります。国税庁のリーフレット（令和8年4月作成）では、複式簿記とe-Tax送信で最大65万円、さらに優良な電子帳簿の要件を満たすと最大75万円になると案内されています。簡易な帳簿の人は、前々年の収入が1,000万円を超えると10万円控除の対象外になります。自分がどれに当たるかは、税務署や税理士に確認してください。

白色申告でもe-Taxは使える

白色申告の人も、収支内訳書と確定申告書をe-Taxで送れます。青色申告のような控除額の違いはありませんが、本人確認書類の写しや控除の証明書の添付を省略できる、受信通知で提出の記録が残る、といった利点は同じです。

スマホとパソコン、どちらで出すか

国税庁の作成コーナーは、スマホでもパソコンでも事業所得の申告まで作れます。会計ソフトから送る場合は、ソフトごとに「スマホで作れるか」「どの端末で電子署名するか」が違います。

• スマホだけで済ませたい：マイナンバーカードを読み取れるスマホがあれば、作成コーナーやスマホアプリ対応の会計ソフトで送れます
• パソコンで作りたい：Windows・Macとも、作成コーナーやブラウザで使う会計ソフトで申告書を作れます。電子署名にはICカードリーダーか、読み取り対応のスマホを使います
• e-Taxソフト（ダウンロード型）：Windowsのみです。Macでは使えません

e-Tax申告のチェックリスト

• マイナンバーカードの電子証明書の有効期限と、2種類のパスワードを確認した
• 読み取り対応のスマホ、またはICカードリーダーを用意した
• 利用者識別番号を確認した（会計ソフトから送る場合）
• 作成コーナー・会計ソフト・e-Taxソフトのどれで送るか決めた
• 送信後、即時通知を保存し、メッセージボックスで受信通知を確認した
• 納付方法を決め、ダイレクト納付・振替納税は事前に届出をした

比較表

日々の帳簿を会計ソフトで付けている人は、そのソフトからe-Taxで送ると、決算書の数字を写す手間がかかりません。ここでは、e-Tax送信の対応の違いに注目して3つのソフトを比べます。

料金は各公式サイトの税抜表記です（確認日：2026年10月）。e-Tax送信の方法と対応端末は、各社の公式ヘルプとシステム要件で確認しました。ID・パスワード方式は、e-Taxの案内で「確定申告書等作成コーナーでのみ利用できる」とされています。マネーフォワード クラウド確定申告は、2026年12月に料金体系の一部改定を予定していると案内しています。やよいの青色申告 オンラインの初年度無料はキャンペーンで、条件があります。申し込む前に、各公式サイトで最新の内容を確認してください。