【2026年】個人事業主のふるさと納税のやり方｜確定申告での入力・限度額の考え方・ワンストップ特例との関係｜やよい・freee・マネーフォワードを比較

個人事業主のふるさと納税のやり方

ここでは、事業所得があり、毎年確定申告をしている個人事業主を例にしています。説明は、総務省の「ふるさと納税ポータル」（ふるさと納税の概要、控除額の計算、ワンストップ特例、よくある質問）と、国税庁の寄附金控除・ふるさと納税の案内、ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書の案内、確定申告特集のページをもとにしています（確認日：2026年11月2日）。

この記事は、手続きの流れをつかむためのものです。税金がいくら減るかは、所得や他の控除によって人それぞれです。自分のケースで判断に迷うときは、所轄の税務署や税理士、お住まいの市区町村に確認してください。

1. ワンストップ特例は使えないと知っておく

ふるさと納税は、寄附した金額のうち2,000円を超える部分が、一定の上限まで所得税と住民税から控除されるしくみです。控除を受けるには、原則として確定申告が必要です。

確定申告をしなくても控除を受けられる「ワンストップ特例」もあります。総務省の案内では、対象は「確定申告の不要な給与所得者等」で、寄附先が5団体以内の場合に限られます。

個人事業主は、事業の所得を申告するために確定申告をします。そのため、ワンストップ特例の対象になりません。国税庁の案内では、確定申告をするとワンストップ特例の申請は無効になるとされています。申請書を出していた寄附も含めて、すべての寄附を確定申告で入力しましょう。

2. 控除の上限（限度額）の考え方を知る

控除される金額には上限があります。総務省の「控除額の計算」では、寄附した金額から2,000円を引いた額が、次の3つに分かれて控除されると説明しています。

住民税の特例分が「住民税所得割額の2割」を超えると、超えた分は控除されません。その場合、自己負担は2,000円より大きくなります。つまり、限度額の考え方は「特例分が住民税所得割額の2割に収まる範囲かどうか」です。

ここで、個人事業主ならではの注意点があります。計算に使う所得税の税率や住民税所得割額は、その年の所得が確定してから決まるということです。個人事業主の所得は、売上や経費しだいで年ごとに変わります。年の途中では、まだ上限がはっきりしません。

総務省のページには、年収ごとの控除の目安を示した表もあります。ただし、前提は「扶養家族が配偶者のみの給与所得者」です。個人事業主にそのまま当てはめることはできません。総務省のよくある質問では、上限は収入や他の控除などの状況によるため、お住まいの市区町村の住民税担当部署に確認するよう案内しています。

帳簿を毎月つけておくと、その時点までの売上と経費から、その年の所得の見込みを立てやすくなります。見込みに不安があるときは、余裕を持った金額にとどめておくと安心です。

3. 寄附をして証明書を受け取る

寄附をしたら、確定申告で使う証明書を受け取ります。国税庁の案内では、次のどちらかを使えます。

• 寄附金受領証明書：寄附先の自治体から届く書類です。寄附ごとに1枚ずつ届きます。届く時期は自治体によって違います。
• 特定事業者が出す「寄附金控除に関する証明書」：国税庁長官が指定した特定事業者（ふるさと納税のポータルサイトの運営会社など）が発行する、1年分の寄附額をまとめた証明書です。令和3年分の確定申告から、寄附金受領証明書の代わりに使えるようになりました。

特定事業者の証明書を電子データで受け取る場合は、国税庁が指定するXML形式である必要があり、PDFでは使えません。国税庁の確定申告書等作成コーナーでは、このデータを読み込むと、控除額の計算に自動で反映できます。マイナポータル連携で証明書データを取得する方法もあります。ただし、証明書を出す特定事業者がマイナポータル連携に対応している必要があります。

寄附先が多いと、紙の証明書の管理は手間がかかります。同じポータルサイトから寄附した分は、年間の証明書にまとめられることがあるので、利用しているサイトで確認してみましょう。

4. 帳簿では経費にしない

国税庁の案内では、個人が国や地方公共団体などに寄附したお金は、寄附金控除（所得控除）として所得金額から差し引くと説明されています。ふるさと納税は、事業の経費として売上から差し引くものではなく、確定申告書の「所得から差し引かれる金額」で扱う控除です。

事業用の口座やクレジットカードから寄附した場合は、帳簿にどう記録するかを決めておく必要があります。会計ソフトのヘルプでは、事業用の口座から払った場合は「事業主貸」で記録する方法が案内されています。プライベートの口座から払った場合は、帳簿への記録はいりません。迷ったときは、税理士に確認してください。

5. 確定申告で寄附金控除を入力する

寄附をした年の翌年の3月15日までに、確定申告をします。個人事業主の場合、決算書（青色申告決算書や収支内訳書）を作ったあと、確定申告書で所得控除を入力する流れになります。e-Taxで申告する流れは、e-Taxで確定申告するやり方で紹介しています。

入力するのは、次の2か所です。

1. 寄附金控除（所得税）：寄附先の名称、寄附金額などを入れます。作成コーナーでは「寄附金控除、政党等寄附金等特別控除」の画面で入力します。
2. 住民税に関する事項：国税庁の案内では、確定申告書第二表の「住民税に関する事項」にある「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」の欄にも、寄附金額を必ず記載するとされています。

2つ目の欄は、住民税の特例分の控除に使われます。入れ忘れないように気をつけましょう。紙の確定申告書を出すときは、寄附金受領証明書などを添付するか、提出するときに提示します。e-Taxで送る場合の添付の扱いは、作成コーナーや会計ソフトの案内に沿って確認してください。

デメリットと注意点

ふるさと納税は、使い方によっては負担が増えることもあります。個人事業主が気をつけたい点をまとめます。

• 2,000円は自己負担になる：控除されるのは、寄附金額から2,000円を引いた部分です。
• 上限を超えると負担が増える：住民税の特例分には上限があります。所得が見込みより少なかった年は、上限が下がることがあります。
• ワンストップ特例は使えない：確定申告での入力が必要です。申請書を出していても無効になります。
• 返礼品は一時所得になる：総務省のよくある質問では、返礼品は一時所得に当たり、一時所得は年間50万円を超える場合に、超えた額が課税対象になると説明しています。ほかにも一時所得がある年は、税務署や税理士に確認しましょう。
• 証明書の管理に手間がかかる：寄附先が多いと、紙の証明書の数も増えます。

比較表

会計ソフトで帳簿をつけている個人事業主は、決算書から確定申告書まで同じソフトで作ると、ふるさと納税の入力もその流れの中で済ませられます。3つの会計ソフトの「寄附金控除の入力場所」と料金を比べます。表は各社の公式サイト・ヘルプで確認できた内容だけを載せています。

確認日：2026年11月2日

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