【2026年】医療費控除の確定申告のやり方｜対象になる医療費・家族分の合算・明細書とe-Tax（スマホ）の入力手順｜やよい・freee・マネーフォワードを比較

医療費控除を確定申告で受けるやり方

ここでは、令和8年（2026年）中に支払った医療費について、翌年に確定申告をする場合を例にしています。説明は、国税庁のタックスアンサー「医療費を支払ったとき（医療費控除）」「医療費控除の対象となる医療費」「医療費控除に関する手続について」「セルフメディケーション税制」（いずれも令和8年4月1日現在の法令等）、確定申告特集の「医療費控除を受ける方へ」、マイナポータル連携の案内、質疑応答事例などをもとにしています（確認日：2026年11月2日）。

制度の細かい部分や、自分の支出が対象になるかの判断に迷うときは、所轄の税務署や税理士に確認してください。

1. 医療費控除の対象になるか計算する（10万円または所得の5%）

医療費控除の対象になるのは、その年の1月1日から12月31日までに実際に支払った医療費です。未払いの医療費は、実際に支払った年の分になります。

控除できる金額は、次の式で計算します。上限は200万円です。

（実際に支払った医療費の合計額 − 保険金などで補てんされる金額）− 10万円

総所得金額等が200万円未満の人は、10万円の代わりに**総所得金額等の5%**を差し引きます。総所得金額等は収入ではなく、所得の金額で見ます。個人事業主なら、売上から経費などを差し引いたあとの金額です。

金額は説明用の例です。保険金などで補てんされる金額には、入院費給付金、高額療養費、家族療養費、出産育児一時金などがあります。補てんは、その給付の対象になった医療費から差し引きます。補てんしきれない分を、ほかの医療費から差し引く必要はありません。

医療費控除は所得から差し引く「所得控除」です。控除の額がそのまま戻ってくるわけではなく、税額は所得や税率によって変わります。

2. 生計を一にする家族の分も合算する

医療費控除は、自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も対象になります。家族それぞれが別々に計算するのではなく、支払った人がまとめて申告します。

国税庁の質疑応答事例では、次のように説明されています。

• 共働きの夫婦で、夫が妻の医療費を支払った場合、生計を一にしていれば、実際に支払った夫の医療費控除の対象になる
• 医療費控除の対象になる親族には、所得金額の要件がない（所得がある家族の分でも、生計を一にしていれば支払った人の対象になる）
• 別居していても、生活費や療養費などの送金が継続的に行われている場合などは、生計を一にするとされる

「誰が支払ったか」が大切です。家族の分をまとめるときは、実際に支払った人の確定申告に入れましょう。自分の家族が生計を一にしているか判断に迷うときは、税務署に確認してください。

3. 対象になる医療費・ならない費用を分ける

国税庁の案内で挙げられている主な例は、次のとおりです。

タクシー代は、電車やバスなどが利用できない場合を除いて対象になりません。このほか、出産費用や歯の治療費についても、国税庁が具体例を案内しています。迷う費用は、国税庁の案内か税務署で確認しましょう。

4. 医療費控除の明細書を作る（医療費通知・領収書）

医療費控除を受けるには、医療費控除の明細書を作り、確定申告書に添付します。領収書そのものは提出しません。その代わり、領収書は確定申告期限などから5年間、自宅などで保存します。税務署から提示や提出を求められることがあるためです。

明細書を作る材料は、主に次の3つです。

• 医療費通知（医療費のお知らせ）：健康保険組合などから届く通知。被保険者の氏名、療養を受けた年月、療養を受けた人、病院・薬局などの名称、支払った医療費の額、保険者の名称の6項目が書かれていれば、明細書の記載を簡略化でき、その分の領収書の保存も不要になります
• マイナポータルの医療費通知情報：マイナポータル連携で取得したデータを使えます（次の手順で説明します）
• 領収書：医療費通知に載っていない医療費（自由診療分や通院の交通費など）は、領収書をもとに入力します

領収書が多いときは、国税庁の医療費集計フォーム（表計算ソフトの様式）が使えます。入力したファイルは、確定申告書等作成コーナーの医療費控除の画面で読み込めます。セルフメディケーション税制を選ぶ人は使えません。

なお、マイナポータルの画面やPDFを印刷・ダウンロードしたものは、国税庁の案内では原本ではないとされています。その場合、該当する領収書は5年間保存が必要です。

5. セルフメディケーション税制とどちらにするか選ぶ

医療費控除には、セルフメディケーション税制という特例があります。健康診査や予防接種などの「一定の取組」をしている人が、スイッチOTC医薬品などの特定一般用医薬品等を購入した場合に使えます。

2つはどちらか一方しか使えません。一度選ぶと、あとから更正の請求や修正申告で選び直すこともできません。通院が多かった年は通常の医療費控除、市販薬の購入が中心の年はセルフメディケーション税制、というように、両方で計算して比べてから選ぶと安心です。対象の医薬品は、購入時の領収書に対象である旨が表示され、品目は厚生労働省の対象品目一覧で確認できます。

セルフメディケーション税制は期限のある特例で、見直しが行われることがあります。申告する年分の扱いは、国税庁の最新の案内で確認してください。

6. e-Taxで入力して送る（スマホ・パソコン）

国税庁の確定申告書等作成コーナーを使う場合、医療費控除の入力はおおむね次の流れです。

1. 所得（給与や事業など）を入力する
2. 「控除の入力」の画面で「医療費控除」を選ぶ
3. 「医療費控除」か「セルフメディケーション税制」かを選ぶ
4. 入力方法を選ぶ（医療費通知を入力する／医療費集計フォームを読み込む／領収書などから入力する／マイナポータルから取得したデータを使う）
5. 申告書を作成し、e-Taxで送信する

作成コーナーは、スマホでも操作しやすい画面になっています。マイナポータル連携を使うと、医療費通知情報を申告書の該当欄に自動で入力できます。連携の流れと注意点は次のとおりです。

• マイナポータルの利用者登録をし、スマホにマイナポータルのアプリを入れておく
• 取得できるのは、申告する年の1月から12月までの保険診療分。国税庁の令和7年分の案内では、2月9日以降に取得できるとされています
• はり・きゅうなどの施術費用や、整骨院・接骨院の柔道整復療養費などは取得できない
• 家族の分を含めるには、家族のマイナンバーカードで、事前にマイナポータルの代理人の設定をしておく
• 取得した分以外の医療費を追加するときは、同じ医療費を二重に入力しないようにする

本人確認の方式（マイナンバーカード方式など）や、e-Taxで送ったあとの受信通知の確認・納付の方法は、e-Taxで確定申告するやり方で順番にまとめています。

会社員が医療費控除を受けるとき

会社員でも、医療費控除を受けるには確定申告をします。源泉徴収票は申告書への添付は不要ですが、申告書を作るときに数字を使うので手元に用意しましょう。

確定申告をする必要がない人が、納めすぎた税金を取り戻すための申告を還付申告といいます。還付申告は、対象の年の翌年1月1日から5年間提出できます。確定申告の期間（原則2月16日から3月15日）に関係なく出せるので、医療費控除だけの申告なら、年明けすぐに出すこともできます。

申告し忘れた医療費控除は5年さかのぼれる

去年までの医療費控除を申告し忘れていた場合も、あきらめる必要はありません。

• 確定申告をしていなかった会社員など：その年の翌年1月1日から5年間、還付申告ができます
• すでに確定申告をした人（個人事業主など）：医療費控除を入れ忘れて税金を納めすぎていた場合は、原則として法定申告期限から5年以内に「更正の請求」をします。国税庁の更正の請求書・修正申告書作成コーナーで作り、e-Taxで提出することもできます

どちらに当たるか、さかのぼって何年分出せるかは、税務署に確認してください。領収書や医療費通知は、さかのぼる年の分も探しておきましょう。

個人事業主が会計ソフトで申告するとき

個人事業主が会計ソフトで確定申告書を作っている場合は、医療費控除もそのソフトの確定申告の画面で入力できます。医療費控除は所得控除なので、帳簿の経費ではなく、確定申告書の「所得から差し引かれる金額」の欄に入ります。

会計ソフトによって、医療費通知の入力、医療費集計フォームの読み込み、マイナポータル連携など、使える入力方法が違います。次の比較表で確認しましょう。

医療費控除のチェックリスト

• 1月から12月に支払った医療費を、生計を一にする家族の分も集めた
• 対象にならない費用（予防目的の医薬品、自家用車のガソリン代など）を除いた
• 保険金や高額療養費などの補てん額を差し引いた
• 10万円（または総所得金額等の5%）を超えるか計算した
• セルフメディケーション税制と比べて、どちらを使うか決めた
• 医療費控除の明細書を作った（医療費通知・マイナポータル連携・領収書）
• 領収書を5年間保存する場所を決めた

比較表

個人事業主が会計ソフトで確定申告書を作るなら、医療費控除の入力方法もソフト選びの目安になります。3つの会計ソフトの「医療費控除の入力」と料金を比べます。表は各社の公式サイト・ヘルプで確認できた内容だけを載せています。

確認日：2026年11月2日

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