【2026年】住民税の特別徴収の手続き｜会社がやること・期限・異動届・納期の特例、給与計算ソフト3選も比較

住民税の特別徴収とは

住民税（市区町村民税と道府県民税）は、前の年の所得をもとに市区町村が計算します。会社員の場合は、会社が給与から天引きして納めるのが原則です。会社が納める方法を「特別徴収」、本人が納付書などで納める方法を「普通徴収」といいます。

東京都と都内区市町村の手引きでは、所得税の源泉徴収義務がある事業主は、特別徴収義務者として住民税を特別徴収することになると案内されています。社長1人の会社や、人を雇っている個人事業主も対象になりえます。

毎月の給与計算の中で住民税をどう引くかは、給与計算のやり方にまとめています。この記事では、市区町村とのやりとりを中心に書きます。

会社がやること（1年の流れ）

1月31日まで：給与支払報告書を出す

毎年1月31日までに、従業員ごとの「給与支払報告書（個人別明細書）」と「総括表」を、従業員の1月1日時点の住所地の市区町村に出します。市区町村は、これをもとに住民税を計算します。東京都の手引きでは、年の途中で退職した人も提出の対象とされています。

提出は書面のほか、eLTAX（地方税のポータルシステム）でもできます。総務省も、給与支払報告書をeLTAXで提出できると案内しています。eLTAXなら、従業員の住所地が複数の市区町村に分かれていても、まとめて送れます。

なお、前々年に税務署へ出す源泉徴収票の枚数が100枚以上だと、eLTAXか光ディスク等での提出が義務になります。自治体の案内では、2027年（令和9年）1月1日以降はこの基準が30枚以上に引き下げられます。

5月31日まで：特別徴収税額決定通知書を受け取って渡す

市区町村は、毎年5月31日までに「特別徴収税額の決定通知書」を会社に送ります。通知書には、従業員ごとの年税額と、6月から翌年5月までの月ごとの額が書かれています。

通知書には会社用（特別徴収義務者用）と従業員用（納税義務者用）があります。従業員用は、会社から一人ひとりに渡します。

通知書は、eLTAXで電子データとして受け取る方法もあります。神戸市の案内では、受け取り方（電子か書面か）は給与支払報告書の総括表を出すときに選び、年度の途中で書面から電子に変えることはできないとされています。電子で受け取るには、受信できるメールアドレスの登録などが必要です。

6月から翌年5月まで：毎月の給与から天引きする

特別徴収の期間は、6月から翌年5月までの12か月です。通知書に書かれた月ごとの額を、毎月の給与からそのまま引きます。通知書では、6月分と7月以降分の額が違うことがあります。

5月分の給与を締めてから新しい額に切り替えるようにすると、引く額の取り違えを防げます。

翌月10日まで：市区町村に納める

天引きした住民税は、徴収した月の翌月10日までに、市区町村ごとに納めます。10日が土日祝日の場合は、翌平日が期限です。

従業員の住所地が複数の市区町村に分かれていると、納め先もその数だけ増えます。総務省の案内では、eLTAXの「地方税共通納税システム」は個人住民税の特別徴収分に対応していて、複数の市区町村の分をまとめて1回で納められます。

納期の特例（従業員10人未満）

給与の支払を受ける人が常時10人未満の事業所は、市区町村に申請して承認を受けると、納入を年2回にまとめられます。

• 6月〜11月分：12月10日まで
• 12月〜翌年5月分：6月10日まで

ポイントは次のとおりです。

• 申請先は、従業員の住所地の市区町村ごと。承認を受けた市区町村の分だけが年2回になる
• 納入は年2回でも、給与からの天引きは毎月行う
• 住民税などに滞納があると、承認されないことがある

源泉所得税にも同じ名前の制度がありますが、こちらは税務署への申請で、期限は7月10日と翌年1月20日です。住民税の特例とは別の手続きなので、使いたい場合はそれぞれ申請します。申請書の様式や受付の時期は市区町村によって違うので、提出先の案内を確認してください。

入社・退職・転勤のとき（異動届出書）

従業員が退職・休職・転勤したときは、「給与所得者異動届出書」を、事由が起きた月の翌月10日までに市区町村に出します。東京都の手引きでは、住民税が非課税の従業員が異動した場合も提出が必要とされています。提出が遅れると、本人の納付が滞ったり、あとで一度に多くの額を納めることになったりするおそれがあります。

退職したとき

退職した月によって、残りの住民税の扱いが変わります。東京都の手引きでは次のとおりです。

• 6月1日〜12月31日に退職：本人から申し出があれば、最後の給与や退職手当などから残りを一括で徴収する。申し出がなければ、残りは本人が普通徴収で納める
• 1月1日〜4月30日に退職：本人の申し出がなくても、5月31日までに払う給与や退職手当などから一括で徴収する（例外あり）

どちらになったかは、異動届出書に書いて市区町村に知らせます。様式の書き方は提出先の案内で確認してください。

転職者が入社したとき

前の会社で特別徴収されていた人が入社し、引き続き特別徴収する場合は、前の会社が異動届出書を作り、新しい会社を経由して市区町村に出す流れになります。前の会社から届いた異動届出書に、新しい会社の情報を書き足して提出します。

普通徴収から特別徴収に切り替えるとき

前の勤務先を退職して普通徴収になっていた人や、新しく就職した人は、途中から特別徴収に切り替えられます。東京都の手引きでは「特別徴収への切替申請書」を出すとされています。すでに納期限が過ぎた普通徴収の分は、特別徴収に切り替えられません。書類の名前や様式は市区町村によって違うことがあるので、提出先で確認してください。

普通徴収にできるのはどんなとき

特別徴収が原則なので、会社の都合で自由に普通徴収にすることはできません。東京都の手引きでは、普通徴収にできる例として次の基準を挙げています。給与支払報告書を出すときに、該当する理由を書きます。

手引きでは、就職・退職が多いことは普通徴収にする理由にならないとされています。基準は自治体によって細部が違うことがあるので、従業員の住所地の市区町村の案内を確認してください。

住民税の仕訳

天引きした住民税は、納めるまで会社が預かっているお金なので、「預り金」で処理するのが一般的です。

• 給与を払ったとき：借方 給料手当／貸方 預り金（住民税）・普通預金など
• 住民税を納めたとき：借方 預り金（住民税）／貸方 普通預金

源泉所得税や社会保険料と分けて管理したい場合は、「預り金（住民税）」のように補助科目を付けると残高を確かめやすくなります。勘定科目の決め方で迷うときは、税理士に確認してください。

比較表

住民税の特別徴収では、従業員ごとに額も納め先の市区町村も違います。毎月の給与計算ソフトに登録しておくと、天引きと納付額の集計をまとめて進められます。代表的な3つを比べます。

確認日：2026年11月13日。料金は各公式サイトの表示です。マネーフォワード クラウドは、個人事業主向けで2026年12月1日以降、法人向けで2027年6月1日以降に更新される契約から、料金体系の一部を改定すると公式サイトで案内しています（パーソナル ミニは月払いが1,680円に、年払いは据え置き。スモールビジネスは年払いが年64,560円に）。申し込む前に最新の料金を確認してください。